De waterkwaliteit in Vlaanderen verbetert geleidelijk. Deze verbetering is echter onvoldoende om de normen en de doelstellingen voor waterkwaliteit te halen. Het is onwaarschijnlijk dat tegen 2015 overal een goede ecologische toestand zal worden bereikt, zoals zowel de Europese als de Vlaamse wetgeving voorschrijven.
Het MIRA-rapport toont aan dat de verstrengde bemestingsnormen en inspanningen om bemestingspraktijken te veranderen meer dan nodig blijven. De landbouw is immers verantwoordelijk voor 60 % van de totale stikstofvracht die in het oppervlaktewater terechtkomt en voor 42 % van de fosforvracht. Daarnaast is de landbouw ook verantwoordelijk voor 40% van de verzurende emissies naar de lucht, eveneens het gevolg van intensieve veeteelt en slechte bemestingspraktijken.
Een ander belangrijke bron van waterverontreiniging komt van gewasbestrijdingsmiddelen. Voor een aantal pesticiden nemen de normoverschrijdingen in oppervlaktewater weliswaar af, maar zelfs voor stoffen die al geruime tijd verboden werden, stelt men nog overschrijdingen vast. Dit toont aan dat (verboden) pesticiden nog zeer lang in het milieu aanwezig blijven. MIRA luidt daarnaast de alarmbel voor een aantal pesticiden die grote overschrijdingen vertonen van de ecologisch gevaarlijke drempelwaarden, terwijl ze nog geen officiële norm toegekend kregen. In het grondwater is de situatie nog erger: in 90% van de meetpunten komen bestrijdingsmiddelen voor, en in bijna 60% van de meetpunten wordt de norm overschreden. De inspanningen om alternatieve bestrijdingsmiddelen in te zetten moeten sterk opgedreven worden. Hiervoor is er een grote nood aan meer onderzoek en ontwikkeling naar ecologische alternatieven. Helaas wordt er meer geïnvesteerd in pesticidenresistente GGO's, die het pesticidenverbruik enkel zullen verhogen.
De systematische uitbreiding en verbetering van de openbare waterzuivering en uitbreiding van het rioleringsstelsel werpt ook onvoldoende vruchten af in verhouding tot zijn kostenplaatje. Het MIRA-rapport geeft aan dat in 2011 opnieuw meer dan de helft (54,4%) van de middelen voor leefmilieu hiernaartoe gingen.
Om de waterkwaliteit verder te verbeteren en de doelstellingen te halen zal het naast een efficiëntere openbare waterzuivering en minder bemesting en pesticidengebruik ten slotte ook nodig zijn om extra inspanningen te leveren om waterlopen opnieuw een meer natuurlijke inrichting te geven.